EasyBioInfo - la bioinformatique tout simplement

La complétion est bien pratique et rapide. Elle pourrait être bien utile sous l'interpreteur python par exemple. Celle-ci est disponible sous certains OS.

Voici une petite astuce pour la rendre accessible sous votre interpreteur et la rendre également customisable :)

import readline, rlcompleter

readline.parse_and_bind('tab: complete')  

# Lorsque vous voulez compléter tapper Tab

readline.parse_and_bind('\C-space: complete')  

# Lorsque vous voulez compléter tapper Contrôle+espace

Qui n'est pas tombé de nombreuses fois sur un API, proposant ce que l'on cherche sans même montrer un exemple ??? Et rien de plus frustrant que d'avoir trouvé ce que l'on cherche sans savoir s'en servir.

Pour remédier à ce problème, voici nullege http://nullege.com/ un site qui via de simples mots clés vous fournira non seulement l'API mais également tous les exemples qu'il trouvera parmi toutes les libraries et les programmes qu'il contient. 

La library ConfigParser va vous permettre de gérer certaine de vos variables globales au sein de multiple script. Ce post vous permettra par exemple de gérer les liens sur vos machines...

Rien de mieux qu'un exemple pour rentrer dans le vif du sujet :

############################

MesVariables.ini

Sous Unix il est facile de concaténer des fichiers grace à la commande cat. Lorsque vous voulez concaténer plusieurs fichiers lors d'une boucle python, le temps d'execution avec un os.system(cat %s >> toto%(i)) peut être très long et générer des erreurs d'accés disque.

L'alternative serait d'ouvrir tous les fichiers et les écrire dans le fichier final mais le temps de calcul là encore explose...

Voici donc une routine très rapide et très propre pour ce genre d'opération :

import shutil

fichier_final = open("ma_db.tfa", "w")

Pour écrire dans la sortir standart de python vous utilisez la simple commande print en python. Mais qu'en est-il de la sortie d'erreur.

Pour acceder à la sortie d'erreur vous devez importer la library sys

import sys

print >> sys.stderr , "sortie d'erreur"

Il en est de même pour la sortir standart, mais ceci n'a pas trop d'interêt car la fonction print le fait automatiquement.

print >> sys.stdout, "sortie standart"

Bon python !

Bonjour

Alors, comme promis il y a fort longtemps voici un petit
post sur l'utilisation de CUDA pour traiter un problème auquel je suis
confronté souvent dans mon travail. Voici le problème : On doit
analyser des dynamiques moléculaires et savoir quelle molécule d'eau se
trouve à quel endroit et proche de quel atome de la protéine. Ainsi
donc, on doit constamment calculer les distances entre les molécules
d'eau et tous les atomes de la protéine sur tous les snapshot.

Je me permet de reprendre le post d'ecniv pour remettre en avant Zotero ainsi qu'une autre ressource web qui peut être très utile.

Depuis l'année dernière, ce plugin pour firefox a vraiment évolué. On peut noter principalement deux fonctionnalités majeures qui ont été introduites par la version 2.0 (encore en béta mais largement utilisable) :

Voici une publication montrant les difficultés pour l'utilisation du langage R chez les étudiants. Cette article donne de nombreuses références très intéressantes pour vos recherches sur le langage R.

Merci à Alex pour la source !

Voici un petit lien excellent qui contient tous les cours (vidéos + présentations pdf) donnés lors de la GPU Summer School à l'université de l'Illinois. Vous avez tout ce qu'il faut pour démarrer un projet CUDA en C. Il y a également beaucoup d'information sur des aspects plus techniques de l'architecture des GPU de NVIDIA. Bref, c'est une bonne formation qui ne coute rien ;)

http://www.greatlakesconsortium.org/events/GPUMulticore/agenda.html

Juste une petite astuce pour ceux qui ont ce probleme lors de l'installation de Java avec apt. Ce problème est pénible car il vous renvoie des erreurs à chaque fois que vous voulez installer quelques choses aprés.

Erreur obtenue :

Dans de nombreux cas, vous désirez (moi le premier) parcourir une liste et récupérer en meme temps l'itérateur. Cela vous conduit la plupart du temps à ce type de routine :

for i in range(len(ma_list)):

    print i,ma_list[i]

Pour éviter ce type de code assez lourd et pas très esthétique il existe une petite fonction fort pratique : enumerate()

Prenant en argument une liste, enumerate renvoie un tuple  iterateur,valeur de votre liste.

exemple enumerate(["a","b"]) renvoie  ((1,''a"),(2,"b"))

Here a tool is presented that helps you converting your Amber trajectories to Gromacs XTC file format. This script (attached to this post) is based on a shell script written by Justin Lemkul. I tried his initial script and it did not exactly what it should have done for my systems. Thus here a python script (that contains basically the same workflow than the one developed by Justin) is proposed that provides maybe a more robust and general way to convert whole Amber trajectories to Gromacs XTC files.

La plupart du temps quand vous voulez avoir un RMSd entre deux structures rapidement, vous utilisez les logiciels de visualisation telle que Pymol ou VMD... Mais savez vous comment ces derniers vous donne le RMS ?

Une premère étape consiste à aligner les structures.  Et le RMSd sur les atoms que vous aurez spécié. Mais lorsqu'il s'agit de complexe ou structure pas identique au niveau séquence, on se sait pas trop comment ils vont aligner tout ça...

Vous etes peut etre déja tombé sur ce problème lors de vos multiples aventures sous les plates formes UNIX.

Votre unix est français du coup les séparateurs décimales sont des virgules et non des points ! Ainsi lorsque que vous faites un trie sur des chiffres ayant des points comme séparateurs décimales, il s'en suit un trie par ordre alphabetique.

Pour palier à ce probleme il vous faudra réinitialiser la variable d'environnement de séparateur numérique de votre linux.